對于運行中的潔凈室，末端高效過濾器的價值并不高，全部加起來可能還不到用戶幾個小時的產(chǎn)值，但更換末端高效過濾器的風險和間接費用會很高。更換過濾器時要停產(chǎn)，停產(chǎn)損失只有業(yè)主自己能算出來，這筆損失肯定比過濾器的備件費用高。更換高效過濾器是十分仔細的操作，潔凈室內(nèi)的任何東西都可能價值昂貴，破壞一個部件其損失可能高于全部過濾器的費用。更換過濾器后要由專業(yè)人員進行檢測，有時還要對空調(diào)系統(tǒng)進行調(diào)試，還要經(jīng)過一段時間的試運行。檢測、調(diào)試、試運行，三項費用加到一起，可能會與過濾器價格不相上下。聰明的業(yè)主總是希望盡可能地延長高效過濾器的使用壽命，不是為了省過濾器那幾個錢，他們是想避免因更換過濾器而產(chǎn)生的一堆麻煩。
要延長高效過濾器的使用壽命，最根本的辦法是將灰塵擋在預(yù)過濾器。更換預(yù)過濾器一般無須停產(chǎn)，無須調(diào)試，所以有經(jīng)驗的業(yè)主會把注意力和金錢花在預(yù)過濾器及保護級中級過濾器上。對于10K級和100K級潔凈廠房，預(yù)過濾選用G4、中級可選用F8過濾器（比色法95%），這樣，末端高效過濾器的使用壽命一般可達5年。在國外項目中和國內(nèi)新建項目中，F(xiàn)8過濾器是非均勻流潔凈室最常見的預(yù)過濾器。
有些場合，對高效過濾器使用壽命的規(guī)定不是出于對阻力的考慮，而是其它因素。若廠房中有氫氟酸，而車間空調(diào)又不是全新風系統(tǒng)，高效過濾器中的玻璃纖維濾紙會受到回風的腐蝕，為了安全，必須定期更換高效過濾器。有些大的制藥廠，每年雨季過后要更換高效過濾器，為的是防止過濾器上任何可能的霉菌污染。有些生物實驗室和與危險品打交道的實驗室，在開展一項新的重要課題前，為了可靠會要求使用新的高效過濾器。
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